All’indomani della pace tra il regno di Highland e le città stato di Jowston, il protagonista e il suo migliore amico Jowy, soldati della Brigata Unicorno di Highland, si stanno preparando a tornare a casa.
Un imprevisto, tuttavia, rovina la felice atmosfera dell’unità: improvvisamente dei soldati nemici, col favore delle tenebre, irrompono nell’accampamento e ne massacrano i giovani soldati! L’eroe e Jowy fuggono per un sentiero ma, purtroppo, la strada finisce con un dirupoe i due, con le spalle al muro, vengono raggiunti dai soldati nemici. E la sorpresa è grande per loro quando il loro capitano, Rowd, si rivela essere il comandante dei soldati misteriosi!
Non avendo altra scelta che la fuga, i due amici si lanciano nel vuoto e finiscono trascinati via dalla corrente del fiume sottostante.
L’eroe si risveglia in un forte, e scopre così di essersi salvato. Tuttavia non ci sono tracce do Jowy e, quel che è peggio, i suoi salvatori sono dei soldati di Jowston!
Viktor, il capo del forte, ascolta la sua storia e decide che, probabilmente, sarebbe rischioso per lui tornare a Highland. L’eroe finisce così arruolato come tuttofare.
Di lì a poco l’eroe ritrova Jowy: una famiglia del vicino paese di Toto lo ha trovato e medicato. I due decidono di fuggire da Jowston e tornare al loro paese natale, Kyaro.
Nonostante il loro primo tentativo di fuga venga sventato dagli uomini del forte, i due amici riescono comunque a svignarsela poco dopo e, insieme a una strana compagnia di circensi, raggiungono Highland!
Arrivati a Kyaro, l’eroe e Jowy si separano per tornare nelle rispettive case: Jowy è il rampollo di una famiglia nobile e rispettata, mentre l’eroe è un orfano adottato, anni prima, da un maestro di arti marziali di nome Genkaku.
In paese, però, c’è qualcosa di strano. Tutti gli abitanti sono sorpresi di vederli, e dicono loro di fuggire lontano.
L’eroe, a casa, viene accolto da Nanami, sua sorella adottiva, e scopre la terribile verità: Rowd li ha pubblicamente accusati della strage della Brigata Unicorno! Ora l’eroe e Jowy sono considerati spie di Jowston e l’intera Highland sta dando loro la caccia.
A casa di Jowy, infatti, il ragazzo ha una brutta sorpresa: il padre lo rinnega e lo caccia di casa. I due, catturati, scoprono che tutta la faccenda è opera di Luca Blight -principe del regno di Highland- il quale, odiando Jowston, ha escogitato un pretesto per far continuare la guerra.
Gli amici tentano un disperato appello a Jillia, la principessa di Highland e sorella minore di Luca, ma non vengono creduti e sono così condannati all’impiccagione. Ecco che, però, all’ultimo momento Viktor e Flik, un suo amico, salvano l’eroe e Jowy e, portandosi dietro Nanami, il gruppo torna al forte.
La situazione, però, non è delle migliori: con la strage della Brigata Unicorno ad opera di “Jowston” (come Luca Blight ha fatto credere ai suoi cittadini), Highland ha furiosamente ripreso le armi e si spinge verso le città stato, distruggendone i villaggi e massacrandone gli abitanti! Neppure con l’intervento di Apple, una sua amica stratega, Viktor riesce a difendere il suo forte, e il gruppo viene disperso. Prima di farlo fuggire, Viktor ordina all’eroe di andare a Muse e aspettarlo là.
Ed è così che l’eroe, Jowy, Nanami e Pilika, la figlioletta dei salvatori di Jowy che, dopo il massacro del suo paese di Toto è in forte shock e non riesce più a parlare, si dirigono alla capitale di Jowston.
Sulla loro strada c’è il paese di Toto–o quel che ne rimane. Qui Jowy e l’eroe, guidati da Pilika, scoprono una grotta misteriosa con delle iscrizioni lasciate, anni prima, da Genkaku! All’improvviso appare davanti a loro una maga di nome Leknaat, la quale comunica ai due che nella grotta è rinchiusa la Runa dell’Inizio, una delle 27 Vere Rune.
In cerca di potere per fronteggiare Highland, l’eroe e Jowy chiedono alla runa di prestare loro la sua forza, e così ne ricevono i due aspetti: all’eroe lo Scudo Lucente, a Jowy la Spada Nera.
Con questo nuovo potere, il gruppo si reca a Muse dove Anabelle, sindachessa e amica di Viktor, comunica loro che Highland sta marciando verso la città! Il segretario di Anabelle, un uomo chiamato Jess, segretamente ordina a Jowy e all’eroe di travestorsi da soldati di Highland e andare a spiare un accampamento nemico nascosto lì vicino.
Le cose non vanno per il meglio, però, e Jowy rimane indietro per far fuggire il suo amico.
Molto più tardi, Jowy riesce finalmente a tornare a Muse, dove il gruppo lo sta aspettando, ma porta con sè una brutta sorpresa: egli assassina Anabelle e apre le porte della città a Highland!
All’eroe e agli altri resta solo la fuga e così, ancora sotto shock, il gruppo si dirige a sud, nella città di South Window.
I guai continuano: sebbene Granmeyer, sindaco della città, fornisca vitto e alloggio al gruppo, un’altra minaccia giunge da ovest: la vicina città di North Window è invasa dai vampiri!
Viktor e l’eroe sono inviati per un sopralluogo e incontrano Neclord, un vampiro vecchio nemico di Viktor. Il vampiro attacca il gruppo con una legione di non-morti e Viktor si ritira, dicendo agli altri che non può battere Neclord senza una spada leggendaria, la Star Dragon Sword.
Il gruppo entra nella grotta dove la spada è custodita e scopre che, in realtà, si tratta di una spada parlante e senziente, che non va troppo d’accordo con Viktor e che egli l’aveva getta via anni prima dopo un litigio.
La spada accetta di essere impugnata nuovamente da Viktor e il gruppo, insieme a un cacciatore di vampiri di nome Kahn, riesce a scacciare Neclord dalla zona.
Così l’eroe e i suoi decidono di usare le macerie di North Window per costruire un altro forte come quello andato perso. La decisione è provvidenziale, in quanto un’unità di Highland sta nel frattempo marciando verso South Window.
Apple spiega che, con pochi soldati, i nostri non hanno speranze di sopravvivere, e si reca in una città portuale vicina, Radat, per chiedere aiuto a Shu, un suo vecchio compagno di studi ed eccellente stratega. Shu, però, cacciato anni prima dal suo insegnante, ha usato le sue capacità per arricchirsi come mercante e non ha intenzione di aiutare il gruppo. Solo l’intervento dell’eroe riesce a convincere l’uomo, che organizza tempestivamente una strategia per scacciare le truppe nemiche.
