Ambientato tre anni dopo Suikoden, nei territori situati a Nord-Ovest della Repubblica di Toran, racconta della guerra di invasione del truce principe Luca Blight contro le Città Stato.
I protagonisti sono due amici d’infanzia scampati ad un massacro. Ai due verrà donata una metà della Runa dell’Inizio (Rune of Beginning) a testa: la Runa Scudo Lucente (Bright Shield) a Riou, la Runa Spada Nera (Black Sword) a Jowy Atreides.
I portatori delle due rune però sono destinati a combattersi, e i due amici dovranno perciò riporre i loro sentimenti, e combattersi l’uno come capo dell’esercito di rivolta, e l’altro come re dell’impero di Highland.
Riou dovrà radunare le 108 Stelle del Destino, molte delle quali già incontrate nel precedente capitolo, per poter affrontare la minaccia finale.
