Anche se la battaglia è stata vinta, però, la situazione resta disperata: le città stato sono divise dopo la caduta di Muse, e anche Granmeyer è stato ucciso dal nemico. Al gruppo non resta che stabilirsi nel castello e organizzare una rete di alleanze per resistere all’avanzata di Highland.
Sorprendentemente, l’eroe viene scelto come capo del gruppo a causa dei suoi legami con Genkaku, che si rivela esser stato, anni addietro, un valoroso eroe di Jowston!
Dopo aver stretto alleanza con la multi-etnica città di Two River e aver salvato Teresa, sindaco reggente di Greenhill dall’invasione di Highland, il gruppo conta finalmente un numero rispettabile di uomini e pare pronto alla lotta.
Nel frattempo anche Highland si è data da fare: Jowy, che ora lavora per Luca Blight, e il famoso stratega Leon Silverberg hanno fatto in modo che il re morisse e che Luca ascendesse al trono!
Il gruppo dell’eroe, alleatosi ora anche con la vicina repubblica di Toran, riesce a fronteggiare l’esercito di Highland grazie alla strategia di Shu e all’aiuto di Ridley, generale koboldo di Two River e Kiba, ex-generale di Highland.
Grazie a una misteriosa lettera di Leon, l’eroe e i suoi riescono a tendere un’imboscata a Luca Blight e, dopo una lotta senza tregua, lo uccidono!
L’eroe e Nanami sono pazzi di gioia quando Jowy in persona, che nel frattempo si è sposato con Jillia ed è diventato re di Highland grazie alla dipartita di Luca, li invita a Muse per firmare un trattato di pace.
Ma Shu fiuta qualcosa di strano e, infatti, il trattato si rivela essere una trappola alla quale il gruppo scappa per miracolo. Distrutti per il tradimento del loro grande amico, l’eroe e sua sorella tornano al loro quartier generale.
Come se ciò non bastasse, il vampiro Neclord riappare nel vicino stato di Tinto e l’eroe è chiamato dal capo dello stato, lord Gustav, per occuparsi della minaccia. Tuttavia Jess, ora vice-sindaco di Tinto, riconosce il ragazzo e lo accusa dell’assassinio di Anabelle! Fortunatamente Kahn riappare portando con sè una vampira, Sierra, determinata a eliminare Neclord. Il gruppo organizza un’offensiva e riesce, non senza sforzo, a distruggere il vampiro una volta per tutte.
Tinto si allea con l’esercito dell’eroe come ringraziamento, e Shu decide che è ora di contrattaccare Highland! Battaglia dopo battaglia, l’esercito dei nostri riprende il controllo di Greenhill e Muse. Rimagono solo due zone da riconquistare: l’area est di Jowston, dove si trovavano il forte e gli altri villaggi rasi al suolo da Luca Blight, e la fascia a nord di Muse, dove il Cavalierato di Matilda, un tempo alleato di Jowston, si è dichiarato neutrale.
Shu organizza una diversivo per attirare le truppe nemiche a est e conquistare la zona di Matilda–l’eroe comanderà un gruppo ristretto di persone e s’infiltrerà nella capitale, il castello di Rockaxe, ove innalzerà la bandiera di Jowston per demoralizzare i soldati nemici e ottenere così un vantaggio sull’esercito di Highland.
Ma le cose non vanno bene e il gruppo trova Jowy ad attenderlo, spada in mano. Prima che l’eroe e Jowy possano dirsi qualcosa, arriva il comandante di Rockaxe, lord Gorudo, la cui intenzione è di uccidere i leader delle due fazioni per ottenere il controllo dell’intera zona! Nanami si getta davanti ai due amici per proteggerli dalla frecce dei cavalieri, ma viene ferita mortalmente. Jowy si ritira e l’eroe, finalmente, riesce a innalzar la sua bandiera e vincere la battaglia.
L’esercito è shockato per la morte di Nanami e di Kiba, caduto in battaglia, ma il tempo stringe e l’eroe deve sbrigarsi a invadere Highland per porre fine alla guerra. Dopo un’aspra battaglia contro Highland, i suoi alleati Karaya e il misterioso Yuber, l’esercito penetra nel castello reale di L’Renouille. Ma qui l’eroe non trova il re Jowy ad attenderlo. Al suo posto c’è Leon Silverberg, che scatena contro di lui il potere della Vera Runa della Bestia.
Battuta anche l’incarnazione della runa, l’eroe è costretto a fuggire perché il castello sta crollando…
Ritornato al quartier generale, l’eroe ricorda una vecchia promessa fatta a Jowy: se mai si fossero separati, si sarebbero aspettati l’un l’altro al passo di Tenzan, dove la storia è cominciata. Senza dir nulla a nessuno, quindi, l’eroe esce dal suo castello, in festa per la vittoria e la fine della guerra, e si dirige da solo nel punto in cui, tanto tempo prima, lui e il suo amico si erano dati appuntamento.
L’eroe vi trova Jowy ad attenderlo: questi gli spiega che le loro rune sono rivali e costringono chi le possiede a combattersi finché uno dei due non muore. Detto questo, sfida il suo vecchio amico a duello per finire l’intera faccenda.
L’eroe, però non vuol saperne di combattere e para i colpi di Jowy senza contrattaccare. Jowy, però, cade ugualmente a terra, esausto, perché la runa della Spada Nera lo sta lentamente uccidendo, e chiede all’eroe di dargli il colpo di grazia.
L’eroe rifiuta e, miracoosamente, la sua runa dello Scudo cura Jowy, che si rialza sorpreso. Leknaat appare e dice ai due che, grazie alla forza delle 108 stelle del destino, le due rune hanno sospeso la loro rivalità e l’eroe e Jowy possono ora vivere in pace.
I due amici si avviano all’uscita del passo quando un’altra persona li avvicina: si tratta di Shu, che sorprende tutti comunicando che Nanami è viva e vegeta!
Nanami era stata infatti salvata in extremis dopo il raid di Rockaxe, ma aveva deciso di fingersi morta e fuggire dalla guerra per rifugiarsi a Kyaro.
L’eroe e Jowy, così, corrono da Nanami e lasciano la guerra alle loro spalle.
